Argillan valtakunnan itäosassa, Aragasin ruhtinaskunnassa, on totuttu suhtautumaan epäluuloisesti outoihin kulkijoihin; etenkin sellaisiin, jotka kuljettavat mukanaan sudennäköisiä nelijalkaisia. Pelko ja epäluulo petoja kohtaan on peräisin jo Warginmaan Hiljaisen Sodan ajoilta, jolloin vihamielisiksi kasvatettuja villikoiria tai koirasusi kuljeskeli vapaina ihmisten asuinalueilla ja hyökkäili kotieläinten kimppuun.
Eemil, jonka isä hylkäsi vaimonsa ja perheensä ennen kuin Eemil ja hänen veljensä Jeremiel kasvoivat aikuisiksi, päätyy aikuistuttuaan riistanvartijaksi Aragasin ruhtinaan läänityksille. Eemil kuljeskelee usein itäisillä alueilla, ja kerran kauempana Rajasoilla kulkiessaan hän löytää oudon kulkijan; pulaan joutuneen Vaeltajan, joka ei alkuun haluaisi tulla edes autetuksi. Mutta lopulta Eemilin sinnikäs ystävällisyys tuottaa tulosta, ja outo kulkija alkaa luottaa häneen. Tuo uusi ystävä muuttaa Eemilin yksinäiseksi käyneen elämän, ja he asettuvat asumaan Argillan ja Warginmaan rajalle, jonne myös Eemilin veli muuttaa perheineen.
Mutta Eemilin löytämä onni ei ole ristiriidaton, eikä kaikilta osin pysyvä. Kun outoja asioita alkaa tulla ilmi liittyen hänen puolisonsa syntyperään ja menneisyyteen, yhteinen elämänvaihe väistämättä päättyy. Muutokseen alistuneena Eemil palaa entiseen työhönsä, setänsä luo Aragasin linnankylään, ja keskittyy huolehtimaan perheväestään. Linnankylässä Eemil tapaa ruhtinaan vieraana oleskelevan ylimyspariskunnan, joitten kanssa hän tutustuu ja ystävystyy; siitäkin huolimatta, että kyseinen ylimysrouva on varsin suorasanainen, tunkeileva, nolostuttava ja äkkipikainen olento. Hänen miehensä on kuitenkin miellyttävä ja rauhallinen seuralainen, ja uudet tuttavat liennyttävätkin Eemilin yksinäisyyttä. Mutta Eemil kaipaa elämäänsä myös läheisempää ystävää ja kumppania täydentämään perhettään.
Eräänä syyspäivänä Aragasin linnankylän torille ilmaantuu epäsiististi pukeutunut muukalaisneito, joka herättää Eemilin huomion. Neito kuitenkin herättää myös kylän väen epäluulot, koska samaan aikaan linnankylän liepeillä on kuljeskellut myös suden näköinen nelijalkainen. Neitoa sen koommin nähdä linnankylässä, mutta jotkut väittävät nähneensä hänet uudelleen metsissä; tai ainakin jonkun hahmon, joka on kadonnut oudosti sumuun, tai muuttunut sudeksi…
Linnankylän väki sepittää mielellään kauhutarinoita, mutta lopulta epäluulot muuttuvat hallitsemattomaksi peloksi ja jopa tuhovimmaksi, kun kyläläisiä joutuu jonkin pedon raatelemaksi, pari lasta katoaa omille teilleen, ja Aragasin ruhtinas Audric alkaa käyttäytyä omituisesti, aivan kuin olisi jotenkin lumottu.
Kylän väki alkaa jäljittää tuota outoa neitoa, jonka pelätään noituneen ruhtinaan, koska tämän nähtiin puhuttelevan neitoa torilla ja lähettävän tälle tavaraa metsiin. Joku tietää kertoa, että ruhtinas tavoittelee tuota neitoa jopa vaimokseen, ja silloin monet ovat varmoja siitä, että ruhtinas on noiduttu.
Osa ylimysväestä pitää ruhtinasta ”vätyksenä”, ja etsii tekosyytä järjestää tämä pois ruhtinaan asemasta. Ruhtinas Audric, joka on tunnistanut Eemilin luotettavaksi mieheksi, palkkaa hänet etsimään tuota susinoidaksi nimitettyä olentoa ennen kuin vihamielinen väki löytää tämän. Eemil, joka on alkanut tuntea häiritsevää kiinnostusta ja huolta kyseistä neitoa kohtaan, haluaa tehdä parhaansa löytääkseen neidon, muttei ole aivan varma siitä, sopisiko tämä ruhtinattaren asemaan.
Haasteitten jälkeen Eemil löytää neidon, mutta myös ”susinoitaa” etsivä väki pääsee lopulta tämän jäljille. Onneksi neito ei ole aivan suojaton; hänellä on apunaan yksi jos toinenkin nelijalkainen, sekä luonteenlaatu, joka on omiaan riisumaan aseista epäluuloisenkin vastustajan. Neito aiheuttaa Eemilissä ennenkokematonta hämmennystä, mitä enemmän he ovat tekemisissä toistensa kanssa. Eemilin on luovuttava ennakko-oletuksistaan yksi toisensa jälkeen, muttei hämmennys lopu vielä siihenkään, kun Eemin kuulee ”susinoidan” oikean nimen. Eemilistä on jo kauan tuntunut, ettei hän halua ruhtinas Audricin ottavan tuota neitoa vaimokseen, ja neidon nimen ja syntyperän paljastaminen voisi saada Audricin perumaan aikeensa…
Mutta salaisuus neidon syntyperästä ei ole hänen, eikä hänellä ole oikeutta sitä myöskään paljastaa. Eikä se edes ole ainoa asia, joka Eemilille on uskottu salassa pidettäväksi. Eemil saa kannettavakseen myös Warginmaan susikansan salaisuuden, jonka hänelle välittää hänen aiempi ystävänsä ja kumppaninsa, jonka hän vuosia sitten pelasti kuolemasta Rajasoille.
Eemilin ystävillä on omat roolinsa tässä tarinassa, ja kullakin on myös omat, moniulotteiset ja osaltaan epätavanomaiset rakkaustarinansa. Yleisemmällä tasolla ”Warginmaan noidan” tarina kuvaa ihmismielen tuhoisaa taipumusta pelätä sitä, mitä ei vielä tunne, ja sokeutua omiin ennakkoluuloisiin oletuksiinsa.